Puskesmas Kecamatan Cipayung merupakan pecahan dari Puskesmas Kecamatan Pasar Rebo, yang di pecah menjadi 4 Puskesmas yaitu Puskesmas Kecamatan Pasar Rebo, Puskesmas Kecamatan Ciracas, Puskesmas Kecamatan Kramat Jati dan Puskesmas Kecamatan Cipayung. Awal pelayanan kesehatan puskesmas kecamatan Cipayung berada di gedung puskesmas kelurahan Bambu Apus II, di Jln Shinta Raya. Dua tahun kemudian yaitu tahun 1992 Gedung puskesmas Kecamatan Cipayung pindah ke gedung eks-kantor lurah Lubang Buaya, di Jl. Lubang Buaya no 51.
Letak puskesmas kecamatan cipayung sebenarnya masih dalam kategori sedikit sulit dijangkau dengan alat angkutan umum, karena trayek angkutan umum sampai ke puskesmas hanya beroperasi sampai dengan jam 18.00. Wilayah Kecamatan Cipayung memiliki luas 2,845.80 Ha yang terdiri dari 8 (delapan) kelurahan, 56 RW, 508 RT, 84.898 KK, dengan fasilitas kesehatan pemerintah 9 puskesmas kelurahan dan 1 puskesmas kecamatan.